知网小分解和知网查重虽然都是用于检测学术不端行为的工具，但它们之间存在一些显著的差别。首先，从检测范围上看，知网小分解主要侧重于对论文中的部分内容进行快速检测，通常用于初步自查或局部修改。而知网查重则更为全面，会对整个论文进行全面的检测，包括引言、正文、结论以及参考文献等，用于更严谨地评估论文的原创性。

至于论文查重是否包括参考文献，这取决于具体的查重系统和查重规则。一般而言，大多数查重系统会将参考文献列入检测范围，但通常会对参考文献进行特殊处理，以排除合理引用对查重结果的影响。因此，即使参考文献被查重系统检测，只要引用方式得当，通常不会对查重结果产生太大影响。

面对知网小分解和知网查重之间的差异，以及论文查重是否包括参考文献的问题，我们应该如何解决呢？首先，我们需要明确自己的需求，选择适合的查重工具。如果是初步自查或局部修改，可以选择使用知网小分解；如果需要全面评估论文的原创性，那么应该使用知网查重。

其次，在撰写论文时，我们应该注意合理引用参考文献，避免过度引用或抄袭。同时，在提交论文进行查重前，我们可以先自行使用查重工具进行预查重，以便及时发现并修改可能存在的问题。

最后，我们应该正确看待查重结果。查重系统只是一种工具，其结果并不是绝对的。我们需要结合实际情况，对查重结果进行客观分析，找出可能存在的问题并进行修改。

综上所述，知网小分解和知网查重虽然都是用于检测学术不端行为的工具，但它们在检测范围和使用场景上存在差异。同时，论文查重是否包括参考文献取决于具体的查重系统和规则。我们应该根据自己的需求选择合适的查重工具，并注意合理引用参考文献，以确保论文的原创性。在使用查重工具时，我们应该保持客观态度，正确看待查重结果，以提高论文的质量和学术价值。